W przeszłości, automatyczne skrzynie biegów powodowały większe obciążenie silnika podczas postoju i często miały mniej biegów. Jednak obecne skrzynie automatyczne, nawet te z konwerterem momentu, są pozbawione tych wad i dodatkowo mają blokady, które eliminują poślizg podczas przyspieszania. Są również wyposażone w więcej biegów, co pozwala na lepszą pracę silnika. Ponadto, ostatnie przełożenie w automacie jest często wyższe niż w skrzyni manualnej. Dwusprzęgłowe skrzynie biegów mają z kolei normalne sprzęgła, więcej biegów i błyskawiczne przełączanie, które trudno nawet zmierzyć. Aby osiągnąć podobne spalanie jak w samochodzie ze skrzynią manualną, konieczne jest prowadzenie samochodu w sposób ekonomiczny i utrzymywanie tego przez cały czas, co może być trudne.
Można powiedzieć, że kiedyś naprawa automatu kosztowała dużo więcej niż manualnej skrzyni biegów. Dzisiaj sytuacja jest inna i można ją postrzegać na dwa sposoby.
Pierwszym z nich jest uwzględnienie konstrukcji. Choć automatyczne skrzynie biegów mają niższą żywotność niż dawniej, to jednak również manualne przekładnie, wykonane z materiałów energooszczędnych, są mniej trwałe i często wymagają wymiany sprzęgła i koła dwumasowego. W wielu modelach samochodów koszty takiej wymiany są podobne do kosztów naprawy automatu.
Drugi sposób to uwzględnienie oszczędności. W dzisiejszych czasach, z powodu wzrostu popularności, części do automatów są łatwiej dostępne i coraz więcej jest specjalistycznych zakładów zajmujących się ich naprawą, dlatego ceny są bardziej konkurencyjne. Jednak warto pamiętać, że wymiana zespołu sprzęgła i koła dwumasowego w skrzyni manualnej na używane jest nieopłacalna. W rezultacie, koszty eksploatacji i serwisowania automatu i manualnej skrzyni biegów są podobne.
Wydaje się, że automaty są bardziej kochane i że trzeba umieć je prowadzić, aby je nie uszkodzić. Tymczasem współczesne automatyczne skrzynie biegów są tak proste w obsłudze, że niemal niezniszczalne, zwłaszcza te z elektronicznym drążkiem zmiany biegów. Do tego wymagają jedynie regularnej wymiany oleju. Z kolei skrzynie ręczne, poza wymianą sprzęgła i koła dwumasowego, również wymagają wymiany oleju, co często jest zapominane przez kierowców.
Specyficznym rodzajem automatu jest dwusprzęgłowa skrzynia biegów, która jest niestety najdroższa w serwisowaniu. Nie tylko wymaga wymiany oleju, ale także, podobnie jak w przypadku skrzyni manualnej, niejednokrotnie wymiany koła dwumasowego i dwóch sprzęgieł, a nie tylko jednego.
Kiedyś wierzono, że ręczne skrzynie biegów dają lepsze osiągi, ponieważ automatyczne skrzynie biegów korzystały z przetwornika momentu obrotowego. Zasada działania tego przetwornika polegała na nieprzerwanej transmisji momentu obrotowego z silnika na skrzynię biegów, co miało poprawiać osiągi, jednak występujący w nim poślizg powodował znaczne straty momentu obrotowego i tym samym pogorszenie osiągów. W rzeczywistości, w wielu sytuacjach, automatyczne skrzynie biegów nie pogarszały osiągów, ale były one zazwyczaj trudne do opanowania przez przeciętnego kierowcę, który ręcznie zmieniając biegi, nie mógł osiągać takich samych wyników, jak w automacie.
Dziś ręczne skrzynie biegów nie są już w stanie konkurować z automatycznymi skrzyniami biegów. Po pierwsze, nie ma już strat momentu obrotowego, ponieważ większość samochodów posiada dwusprzęgłowe skrzynie biegów, które eliminują te straty. Po drugie, współczesne automaty tak szybko i precyzyjnie zmieniają biegi, że nie jest możliwe, aby kierowca ręcznie mógł to powtórzyć. Mimo że niektóre modele samochodów na papierze mają gorsze przyspieszenia z automatyczną skrzynią biegów, w rzeczywistości nie jest łatwo je osiągnąć. Wiele samochodów o sportowym charakterze posiada system launch control, który z automatyczną skrzynią biegów daje lepsze wyniki niż nawet najlepszy kierowca ręcznie zmieniający biegi.